CKTCH spolupracuje s řadou výzkumných pracovišť v České republice i v zahraničí.
Zaměstnanci ústavu byli v letech 2011–2015 vedoucími tří subprogramů zaměřených na výzkum v oblasti kardiologie a kardiochirurgie v Mezinárodním centru klinického výzkumu v Brně (ICRC).