K zajištění kvalitní péče je v rámci CKTCH jmenována Rada kvality, která je přímo podřízena řediteli Centra.
Úsek kvality zajišťuje naplňování požadavků na interní a externí hodnocení kvality a bezpečí poskytovaných zdravotních služeb v souladu s platnou legislativou, zabývá se kvalitou poskytované zdravotní péče a poskytováním bezpečné péče o pacienta
Manažer kvality zajišťuje metodické vedení, koordinaci a další úkoly odborného charakteru při realizaci systému managementu kvality.
Úsek kvality zodpovídá za provádění pravidelných kontrolních auditů, které probíhají v rámci interního hodnocení kvality.
Dále zabezpečuje aktualizaci vnitřně řízené dokumentace, podílí se na tvorbě organizačních směrnic a standardů, sleduje a analyzuje výskyt nežádoucích událostí, stanovuje rizika a přijímá nápravná opatření směřující ke zvýšení kvality a bezpečí.
V rámci externího hodnocení v roce 2024 CKTCH úspěšně obhájilo reakreditaci dle Spojené akreditační komise (SAK).
Genetická laboratoř je akreditována Českým institutem pro akreditaci (ČIA), Hematologická laboratoř je držitelem certifi kátu NASKL II.
Úsek kvality spolupracuje s úsekem transplantací; v roce 2014 proběhl mezinárodní transplantační audit s mezinárodními auditory pod dozorem Ministerstva zdravotnictví ČR a CKTCH obdrželo Certifi cate of Audit – ACCORD Joint Action.