Operační trakt má tři rovnocenné, plně vybavené operační sály, na kterých je prováděno celé spektrum kardiochirurgických operací a transplantace srdce, jater a ledvin. K dispozici jsou nejmodernější technologie jak chirurgické, tak pro anestezii.
Součástí provozu na operačních sálech je přísálová sterilizace, která zajišťuje předsterilizační přípravu, sterilizaci materiálu a činnosti s tím související, a to pro všechna oddělení CKTCH.
