Transplantace orgánů se provádí v Centru od jeho vzniku. Transplantace ledvin a jater se původně prováděly na II. chirurgické klinice FN u sv. Anny, kde byla v roku 1983 provedena první transplantace jater v Československu.
Po přechodu na CKTCH se během doby vytvořil komplexní transplantační program, který od roku 1992 zahrnuje i transplantace srdce.
Tím vzniklo druhé největší transplantační centrum v České republice s ročním počtem transplantací mezi 110–130.
Postupně se vytvořil multidisciplinární tým odborníků, neboť úspěch v této oblasti medicíny vyžaduje bezchybnou týmovou spolupráci všech zainteresovaných odborností (chirurgů, anesteziologů, hepatologů, nefrologů, kardiologů, imunologů, atd.) a vysoce kvalifi kovanou sesterskou péči, ideálně vše pod jednou střechou.
Pacienti jsou tak léčeni podle nejnovějších vědeckých poznatků. Do praxe jsou rychle uváděny nové léky, operační postupy a technologie.