Profesor Černý drží řadu českých prvenství v transplantacích. V roce 1983 byl členem kolektivu, který pod vedením profesora Kořistka poprvé ve východním bloku transplantoval játra, v roce 1995 provedl první transplantaci srdce u dítěte, v roce 1998 první kombinovanou transplantaci srdce a ledviny, v roce 2002 transplantaci jater se současnou náhradou aortální chlopně a v roce 2005 současnou transplantaci tří orgánů - srdce, jater a ledviny.
